Geldorp führte in dem lateinisch verfassten Gutachten aus, dass der Moerser Graf Friedrich bei Errichtung des Klosters 1446 die Auflage einer wahren christlichen Lebensführung gemacht hatte. Ansonsten sollte das Vermögen an die Grafen zurückfallen. Da es nun im Kloster zu Auseinandersetzungen über die protestantischen Lehren gekommen sei, hätten die Mönche ihr Asylum zerstört und der Graf habe das Recht, das Vermögen wieder zurückzunehmen. Dies umso mehr als das Vermögen ja nicht zum Eigennutze eingezogen werde, sondern zum Wohl des Gemeinwesens, nämlich zur Gründung einer Schule. So müssten als Lehrer geeignete Diener der Kirche herangezogen werden und die bisherigen Einnahmen des Klosters aus Hochzeiten, Taufen und Beerdigungen sollten für die Schule verwendet werden. Denn die Einrichtung einer Schule gehöre zur Pflicht einer jeden Obrigkeit, die so ihre Pflicht zur zeitgemäßen Verkündigung des Evangeliums auch gegenüber den Bedürftigen (pauperes), hier den Bürgern, erfülle. Seit 1574 gab es eine Lateinschule im calvinistischen Geist, die bereits in den Räumen des ehemaligen Klosters untergebracht war. Hier sollten die begabten Jungen in der Grafschaft Moers u. a. die biblischen Sprachen lernen.

Blütezeit unter niederländischer Herrschaft

Das Jahr 1634 war für die Schule auch deshalb von Bedeutung, weil auf Veranlassung der Niederländer eine grundlegende Schulsatzung geschaffen wurde. Oberstes Leitungsgremium war der „senatus scholasticus“ dem der jeweilige Statthalter, der Stadtmagistrat (sofern evangelisch), die Geistlichen, die Professoren und der Rektor angehörten. Die laufenden Geschäfte führten alle zwei Jahre neu zu wählende Scholarchen. Themen der Oberstufe waren Institutionen des römischen Rechts, theoretische Philosophie, Mathematik und Physik, praktische Philosophie bestehend aus Ethik, Politik und Ökonomik sowie Logik und höhere Beredsamkeit. Einer der Professoren dieser Zeit war Wiricus Scriba, der in Moers Physik und Hebräisch unterrichtete, und der bei der Gründung der Universität Duisburg dort eine Professur für Medizin und morgenländische Sprachen erhielt.[3]

Der Unterricht am Gymnasium dieser Zeit war fast ausschließlich auf die alten Sprachen Latein, Griechisch und Hebräisch ausgerichtet. Allein Latein nahm einen Umfang von 30 Wochenstunden ein, so dass für den sonstigen Stoff nur wenig Raum blieb. Ursache dieser Verteilung war, dass man das Gymnasium ganz überwiegend als Vorstufe in der Ausbildung von Pfarrern betrachtete.

Ein erfreuliches Ereignis mit besonderer Wirkung auch für die Folgezeit war die formell auch noch heute existierende Stiftung des ehemaligen Moerser Schülers und braunschweigisch-lüneburgischen Bergrates zu Clausthal, Peter Hartzingh, vom 20. April 1680, in der dieser die Hälfte seines Vermögens, überwiegend bestehend in Kuxen, in die sogenannte Hartzingh-Klausthalsche Stiftung einbrachte. Zweck dieser Stiftung war es, mittellosen evangelischen Kindern der Stadt den Besuch der Schule zu ermöglichen und ihnen, sofern sie studierfähig waren, auch noch ein „Stück Geld“ zukommen zu lassen. Von diesem Stiftungsvermögen profitierten viele Schüler bis ins 20. Jahrhundert.